Για το πρόγραμμα Ναυτίλος χρησιμοποιήθηκε το ερευνητικό σκάφος Αιγαίο το οποίο ξεκίνησε το ταξίδι του από τον Πειραιά με πρώτη στάση την Σαντορίνη. Έπειτα κατευθύνθηκε προς τον Μεσσηνιακό κόλπο όπου πραγματοποιήθηκαν υποβρύχιες έρευνες στις περιοχές της Νεάπολης και της Στούπας. Από εκεί συνέχισε το ταξίδι του προς το Ιόνιο Πέλαγος και πιο συγκεκριμένα την Ζάκυνθο. Τέλος επισκέφθηκε περιοχές του Κορινθιακού κόλπου (Αρχαία Ελίκη και Ηραίον) και από εκεί έπλευσε προς τον Πειραιά όπου και ολοκληρώθηκε το ταξίδι.